Desfragmentar arquivos é uma técnica para organizar os arquivos gravados no computador para que possam ser lidos de maneira mais eficiente. Existem diversas teorias e métodos diferentes para atingir esse objetivo, e o IOBit Smart Defrag procura inovar um pouco. O programa inclui além dos recursos tradicionais uma opção para desfragmentar arquivos em tempo-real.
O sistema é executado a partir de algum tempo de inatividade do computador e é interrompido após o processador ser utilizado a mais de 20% de sua capacidade, o recurso é semelhante ao modo de desfragmentação por proteção de tela do JkDefragGUI, no entanto é necessário manter o programa aberto e mesmo que discretamente em execução na área de notificação acaba consumindo memória RAM do computador - mais de 10MB - para um recurso que não prova ser tão útil assim no dia-a-dia.
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